MySQLで、データベースエンジンにInnoDBを使っていると、デフォルトでは ibdata1 というファイルにデータが蓄積されていくようだ。このファイルはデータが削除されても自動的には縮小されない。

そういうときは、一度 MySQL のダンプを取り、リストアすればいいらしい。

ダンプ
mysqldump --user=uesrname --password=password databasename > xxxx.dump

リストア
mysql --user=username --password=password databasename < xxxx.dump